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Die Ursprünge der geowissenschaftlichen Sammlungen gehen auf die Gründungszeit des OÖ. Landesmuseums 1833 mit namhaften Spenden von Mineralien aus dem Stift St. Peter in Salzburg und des Protektors Erzherzog Franz Karl zurück. Eine erste professionelle Betreuung erfuhr die Sammlung durch Mag. Karl Ehrlich 1841.
Seine Arbeit konzentrierte sich vor allem auf die geologische Erforschung Oberösterreichs und dem Ausbau der paläontologischen Sammlung. Dies gipfelte 1855 in dem Ankauf der Sammlung des berühmten Georg Ramsauer, k.k. Bergmeister in Hallstatt, die vor allem aus 2000 Ammoniten der Hallstätterkalke des Salzkammergutes bestand.
In dem 1895 fertiggestellten Neubau des Museums Francisco-Carolinum wurden dann unter Prof. Hans Commenda die bis dahin beträchtlich angewachsenen geowissenschaftlichen Sammlungen aufgestellt. 1920 ging das Museum in den Besitz des Landes Oberösterreich über. Die Sammlungen wurden von Dr. Theodor Kerschner, später von Dr. Josef Spillmann und Dr. Josef Schadler betreut und wissenschaftlich bearbeitet. Nach dem 2. Weltkrieg war Dr. Wilhelm Freh geowissenschaftlicher Sammlungsleiter, der sich hauptsächlich auf die Mineralogische Sammlung konzentrierte. Von 1971-1980 wurde die Abteilung von Univ.-Doz. Dr. Hermann Kohl geführt – sein Hauptaugenmerk galt der Quartärforschung in Oberösterreich –, seit 1980 bis 2007 durch Dr. Bernhard Gruber und ab 2008 durch Dr. Björn Berning.
Derzeit wird der Großteil der Sammlungsbestände in der Außenstelle Welser Str. der Oberösterreichischen Landesmuseen aufbewahrt, während kleinere Reste in der Landesgalerie lagern. Schwerpunkt der geowissenschaftlichen Sammlungen ist die Paläontologische Sammlung.
Sammlungszugänge fallen durch Spenden, Ankauf und eigene Aufsammlungen an.
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